Based on electromagnetic wave theory, the paper demonstrates that magnetic metamaterial can be used to suppress the surface wave existing between the shipboard coplanar array antennas. A model containing two antenna ports on a perfect electric conductor(PEC) plane with a magnetic metamaterial slab in the middle is created in CST MWS and time-domain solver is applied by making use of finite integration time domain,(FITD) method. Simulation results indicates that magnetic metamaterial increases the isolation between coplanar antennas in the frequency band where the real part of metamaterial effective permeability is negative, and the backscattering values are depressed simultaneously. The thickness of magnetic metamaterial slab is found to be an important factor as well as its effective constitutive parameters, because both electromagnetic compatibility (EMC) and stealth performance are influenced significantly by the thickness of metamaterial slab, but working in different directions.