This paper presents a novel anti-jamming method of spread spectrum communication based on blind source separation (BSS) in single channel. Based on periodicity of the chip sequence, the underdetermined BSS model in single channel is restructed as an overdetermined BSS model. The proposed method is based on the whole stastistical properties of the received signal. The other widely used anti-jamming method is always based on local domain characteristics, for exmaple as time-domain filtering anti-jamming and frequency-domain filtering anti-jamming. In principle, the proposed anti-jamming method will have better performance than the other widely used anti-jamming method. The effectiveness of the proposed algorithm will be shown by the illustrative simulation results at last.