This paper presents an electromagnetic topology algorithm for shielding effectiveness(SE) estimation based on electromagnetic topology theory, which improves Robinson’s Equivalent circuit model. In this algorithm, the aperture is represented by a two-port network, and its scattering matrix is used to describe the moving-standing wave in the box, which further establishes an equation of the inside and outside electromagnetic field. Based on the theory used to analyze the enclosure with off-centre apertures, the SE can be calculated through modifying the aperture scattering matrix. The enclosure with off-centre aperture and aperture arrays are simulated and the accuracy of this algorithm is verified during a frequency domain from 0 GHz to 2 GHz, by comparing with a conventional full-wave simulation tool CST. According to the above simulation, the paper analyzes the effect of the aperture width, the position of observation points, polarization angle and azimuth angle on SE.